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1.
Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer.
Cell
; 173(2): 291-304.e6, 2018 04 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29625048
2.
Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation.
Cell
; 173(2): 338-354.e15, 2018 04 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29625051
3.
Perspective on Oncogenic Processes at the End of the Beginning of Cancer Genomics.
Cell
; 173(2): 305-320.e10, 2018 04 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29625049
4.
Genomic Hallmarks and Structural Variation in Metastatic Prostate Cancer.
Cell
; 174(3): 758-769.e9, 2018 07 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30033370
5.
Phosphoproteome Integration Reveals Patient-Specific Networks in Prostate Cancer.
Cell
; 166(4): 1041-1054, 2016 Aug 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27499020
6.
Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin.
Cell
; 158(4): 929-944, 2014 Aug 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25109877
7.
Genomic Hallmarks and Structural Variation in Metastatic Prostate Cancer.
Cell
; 175(3): 889, 2018 10 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30340047
8.
Transcriptional profiling identifies an androgen receptor activity-low, stemness program associated with enzalutamide resistance.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(22): 12315-12323, 2020 06 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32424106
9.
Accurate cancer phenotype prediction with AKLIMATE, a stacked kernel learner integrating multimodal genomic data and pathway knowledge.
PLoS Comput Biol
; 17(4): e1008878, 2021 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33861732
10.
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort.
Nat Methods
; 13(4): 310-8, 2016 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26901648
11.
Valection: design optimization for validation and verification studies.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 339, 2018 Sep 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30253747
12.
Germline contamination and leakage in whole genome somatic single nucleotide variant detection.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 28, 2018 01 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29385983
13.
Pathway and network analysis of cancer genomes.
Nat Methods
; 12(7): 615-621, 2015 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26125594
14.
Combining tumor genome simulation with crowdsourcing to benchmark somatic single-nucleotide-variant detection.
Nat Methods
; 12(7): 623-30, 2015 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25984700
15.
A basal stem cell signature identifies aggressive prostate cancer phenotypes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(47): E6544-52, 2015 Nov 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26460041
16.
Pathway-Based Genomics Prediction using Generalized Elastic Net.
PLoS Comput Biol
; 12(3): e1004790, 2016 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26960204
17.
The UCSC Interaction Browser: multidimensional data views in pathway context.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W218-24, 2013 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23748957
18.
Subtype and pathway specific responses to anticancer compounds in breast cancer.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 109(8): 2724-9, 2012 Feb 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22003129
19.
Discovering causal pathways linking genomic events to transcriptional states using Tied Diffusion Through Interacting Events (TieDIE).
Bioinformatics
; 29(21): 2757-64, 2013 Nov 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23986566
20.
PARADIGM-SHIFT predicts the function of mutations in multiple cancers using pathway impact analysis.
Bioinformatics
; 28(18): i640-i646, 2012 Sep 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22962493